کشته شدن اسماعیل هنیه، رئیس دفتر سیاسی حماس، در تهران واکنش‌های گسترده‌ای را به همراه داشته است. حماس اسرائیل را متهم به ترور او کرده و وعده داده است که این عمل بی‌پاسخ نخواهد ماند.
موسی ابو مرزوق، برادر اسماعیل هنیه، و حماس اعلام کرده‌اند که اسرائیل او را «ترور» کرده و این عمل بی‌پاسخ نخواهد ماند. سامی ابو زهری، از رهبران حماس، گفته است که ترور هنیه «یکی از هزینه‌های آزادسازی قدس است و ما آماده پرداخت هر بهایی در این راه هستیم.» محمود عباس، رئیس تشکیلات خودگردان فلسطین، در بیانیه‌ای ترور هنیه را «اقدامی بزدلانه و تحولی خطرناک» دانسته و از فلسطینی‌ها خواسته است که در برابر اشغالگری اسرائیل «صبور و پایدار» باشند.
محمدعلی حوثی، رهبر انصارالله یمن، کشتن هنیه را «جنایت فجیع تروریستی» و نقض آشکار قوانین و ارزش‌های بین‌المللی دانسته است.
خبرگزاری فارس وابسته به سپاه پاسداران اعلام کرده که اسماعیل هنیه نیمه‌شب با اصابت پرتابه‌ای از هوا در یکی از «اقامتگاه‌های ویژه جانبازان در شمال تهران» کشته شده است.
به گزارش نیویورک تایمز، در پی کشته شدن هنیه، جلسه شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی با حضور اسماعیل قاآنی، فرمانده نیروی قدس سپاه پاسداران، در اقامتگاه علی خامنه‌ای برگزار خواهد شد. ناصر کنعانی، سخنگوی وزارت خارجه ایران، در واکنش رسمی به کشته شدن هنیه گفت که خون او «هدر نخواهد رفت» و افزود که شهادت هنیه پیوند عمیق و ناگسستنی میان جمهوری اسلامی ایران و فلسطین عزیز و مقاومت را مستحکم‌تر خواهد کرد.
دفتر بنیامین نتانیاهو، نخست‌وزیر اسرائیل، از اعضای کابینه خود خواسته است که درباره کشته شدن اسماعیل هنیه اظهارنظر نکنند. با این حال، امیخای الیاهو، وزیر میراث فرهنگی اسرائیل، در شبکه اجتماعی اکس نوشته است که پس از کشته شدن هنیه، جهان جای اندکی بهتر شده است و افزود که این راه درستی برای پاک کردن دنیا از این افراد است.
اسماعیل هنیه برای حضور در مراسم تحلیف مسعود پزشکیان، رئیس‌جمهور جدید ایران، به تهران رفته بود. او ساعاتی پیشتر از کشته شدنش، به دیدار علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی رفته بود. ساعتی پیش از کشته شدن هنیه، اسرائیل در حمله هوایی به بیروت، فواد شکر، فرمانده ارشد نظامی حزب‌الله لبنان را نیز کشته بود.
